Il primo museo di Pizzighettone fu fondato nel 1907 grazie a donazioni di privati: il nucleo più importante fu offerto dall’antiquario Vincenzo Favenza.

Il museo aveva sede nella Torre del Guado, una delle quattro torri del castello di Pizzighettone, distrutto nell’Ottocento.

Dopo il 25 aprile 1945 la struttura fu assaltata e devastata dalla popolazione: la maggior parte delle raccolte andò dispersa o distrutta.

Nel 1969 fu inaugurato il Centro Culturale Comunale, dove ancora oggi hanno sede biblioteca e museo civici: il museo fu riaperto e lentamente ricostituito grazie ai ritrovamenti di materiale paleontologico, archeologico e di antiche armi.

Negli anni Settanta del Novecento fu allestita la sezione di Arte contemporanea grazie all’impegno del pittore Enrico Della Torre, che raccolse le donazioni di numerosi artisti.

Nel 2015 l'istituto si è arricchito di una nuova sezione, dedicata ad un gruppo di ceramiche da mensa del XV-XVI secolo ritrovate nel 2002 in uno scavo nelle mura e per vari anni custodite presso la Soprintendenza Archeologica della Lombardia.

Oggi il museo è suddiviso in sezioni articolate secondo un criterio cronologico e tematico: sezione paleontologica, preistorica e preromana, romana, delle armi, delle terrecotte e degli oggetti artistici, delle ceramiche rinascimentali, dell’arte contemporanea.